幼叶失绿，在严重缺硼的情况下，生长点枯死，导致从节点多发嫩枝；新枝生长迟缓，茎干粗厚，扭曲，而且可能出现扁化；这些嫩枝的顶部会变黄、枯萎并枯死。在老的植物中，上部生长受影响，而下部仍然保持健康状态。种子和茎秆的产量减少，同时纤维的质量变差。缺硼的亚麻比健康的亚麻更容易受到镰刀菌的影响。当缺硼严重时，根部呈暗色且短小。